Vào ngày 24 tháng 10 năm 2018, Bongo đã phải nhập viện ở Riyadh vì một căn bệnh không được tiết lộ. Ngày 29 tháng 11 năm 2018 Bongo đã được chuyển đến một bệnh viện quân đội ở Rabat để tiếp tục phục hồi. Vào ngày 9 tháng 12 năm 2018, Phó Tổng thống Gabon Moussavou đã báo cáo rằng Bongo bị đột quỵ ở Riyadh và sau đó đã rời bệnh viện ở Rabat và hiện đang hồi phục tại một tư gia ở Rabat. Kể từ ngày 24 tháng 10 năm 2018, Bongo đã không được nhìn thấy ở nơi công cộng và do thiếu bằng chứng cho thấy ông còn sống hoặc đã chết, nhiều người đã suy đoán liệu ông ta có thực sự sống hay không. Vào ngày 1 tháng 1 năm 2019 Gabon đã đưa ra địa chỉ công khai đầu tiên của mình thông qua một video được đăng lên phương tiện truyền thông xã hội kể từ khi ngã bệnh vào tháng 10 năm 2018.[5] Một số người tuyên bố video đó là giả mạo.[6]

Vào ngày 7 tháng 1 năm 2019, quân đội Gabon đã phát động một cuộc đảo chính. Nỗ lực đảo chính thất bại và chính phủ đã tái khẳng định thành công quyền kiểm soát đất nước.[7][8]

Do sự vắng mặt về mặt của Bongo khỏi chính trường, Gabon đã chứng kiến sự gia tăng tác động của tham nhũng nhắm đến các doanh nghiệp nước ngoài.[9]